澎湖貴賓館為現今的第一賓館,鄰近觀音亭,是一處招待日本皇族的行館。日治昭和十五年(1940)澎湖廳長命本縣宏志土木承包組合許令咸負責興建。興建期間恰逢中日戰爭,建築材料的採購與運輸大受影響,直到日治昭和十八年(1943)二月才竣工落成。啟用期間又遇太平洋戰爭,始終未能發揮行館的功用。戰後,澎湖貴賓館更名為第一賓館。民國三十八年(1949)5月17日先總統蔣中正來臺時,曾下塌於此。
民國四十五年(1956),當時的縣長李玉林將行館改為總統專屬使用的行館,將日式空間設施拆除,改為歐式起居,並於建築物南側新建一一座地下作戰指揮所。民國四十七年(1958)金門八二三砲戰時,先總統蔣公曾下塌此地成立作戰前進指揮所,執行作戰計畫。之後,蔣總統經國先生前來澎湖巡訪時,亦曾多次下塌此地。民國八十一年(1992),澎湖防衛司令部司令官宋川強中將決定開放參觀,提供民眾一處訪古思幽的場所,解開多年來神秘的面紗。民國八十九年(2000)9月6日賴峰偉縣長更與澎湖防衛司令部達成協議,將管理權責移到縣政府,四周環境重新整治,形成綠意盎然的公園風貌區。
本館建築風貌屬於和洋混合樣式,入口屋頂為唐博風式構造,別具一格。牆體採用磚造承重牆結構,內部起居室與臥室採用日式格區木地板以及塌塌米。民國四十五年(1956)修建時,歐式的室內隔間取代了日式拉門,地毯與彈簧床取代了塌塌米以及木地板。屋頂原為黑瓦,現今大都改為文化瓦。民國七十五年(1986)的韋恩颱風,造成建築物受損,縣府立即修護處理。民國八十八年(1999)1月15日被指定為縣定古蹟。
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